Di RSUP Dr Sardjito, Yogyakarta, registrasi kanker telah dimulai sejak tahun 1999 oleh Departemen Patologi Anatomi sebagai RK berbasis patologi dan Divisi Hematologi dan Onkologi Departemen Ilmu Kesehatan Anak sebagai registrasi spesifik organ (leukemia dan keganasan organ padatĀ pada anak). RK yang dilaksanakan oleh Departemen Patologi saat itu juga merupakan bagian dari aktivitas RK berbasis patologi regional dan nasional. RK Divisi Hematologi dan Onkologi Departemen Ilmu Kesehatan Anak didukung oleh kerja sama dengan University of Saskatchewan, Saskatoon, Kanada.
Pada tahun 2009 Departemen Telinga Hidung Tenggorok-Bedah Kepala Leher (dulu dikenal sebagai Departemen Telinga Hidung Tenggorok) mulai melaksanakan RK spesifik organ untuk kanker nasofaring melalui kerja sama dengan tim peneliti dan klinisi dari Antonie van Leeuwenhoek Hospital, Amsterdam, Belanda.
Pada tahun 2012 Divisi Hematologi dan Onkologi Medik Departemen Ilmu Penyakit Dalam dan Divisi Ginekologi Onkologi Departemen Obstetri dan Ginekologi mulai melaksanakan RK spesifik organ. Divisi HOM memulai RK payudara, kolorektal, nasofaring, myeloma multipel, dan leukemia myelositik kronik dan Divisi ginekologi onkologi memulai RK organ ginekologi sebagai bagian dari RK HOGI (Himpunan Obstetri Ginekologi Indonesia).
Kelima RK tersebut menggunakan metode registrasi yang berbeda-beda dan penggunaan datanya terbatas untuk tujuan riset di departemen atau divisi yang bersangkutan. Oleh karenanya data kelima RK tersebut belum dapat menggambarkan secara keseluruhan frekuensi kasus kanker di tingkat RS maupun insidensi kanker di masyarakat Yogyakarta
Seiring dengan berkembangnya RKBP di tingkat nasional, maka pada tahun 2014 dibentuklah suatu tim kerja yang berfungsi untuk mengembangkan konsep, menetapkan tujuan, dan membuat disain perkembangan RKBR dan RKBP dalam tiga tahun. Tim ini terdiri dari beberapa staf RSUP Dr Sardjito dan Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada Yogyakarta dan seorang registrar (pelaksana pengelola data) paruh waktu. Kegiatan awal dari tim kerja ini difasilitasi oleh Clinical Epidemiology & Biostatistic Unit RS Dr Sardjito Yogyakarta, Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian Kepada Masyarakat, dan Kerjasama FK UGM, dan Direktur Medik dan Keperawatan RS Dr Sardjito.
Aktivitas tim ini adalah melakukan kajian terhadap kebutuhan dan potensi untuk mengembangkan RKBR Dr Sardjito dan RKBP Kabupaten Sleman dan membuat perencanaan tiga tahun. Selama tahun 2014-2015 tim ini mulai mempersiapkan infra struktur administrasi dan mekanisme pengelolaan data sebagai langkah awal RKBR.
Kegiatan pada fase tersebut di antaranya adalah menjalani beberapa pelatihan baik lokal, nasional, maupun internasional, perekrutan registrar penuh waktu, desain mekanisme pengelolaan data, mengembangkan regulasi dan legalitas RKBR, menetapkan sumber data RKBR Dr Sardjito dan RKBP Sleman, koordinasi di berbagai tingkatan (dewan pengawas RS Dr Sardjito, direktur, klinisi ahli onkologi, perawat onkologi, peneliti, dan staf berbagai departemen dan unit yang berpotensi menjadi sumber data RKBR)
Sejak tahun 2016, tim ini mendapatkan mandat dari Direktur Utama RSUP Dr Sardjito dan Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada. Selain tim harian, terdapat juga tim penasehat dan tim narasumber.
Pada tahun 2016, Kementrian Kesehatan RI memberikan instruksi untuk membentuk dan menginisiasi pelaksanaan RKBP dalam skala nasional dengan target cakupan sebesar 14% populasi Indonesia. Aktivitas RKBP nasional ini melibatkan 14 RSUP termasukĀ RSUP Dr Sardjito Yogyakarta. Seiring dengan momentum tersebut, berdasarkan SK Direktur Utama RS Dr Sardjito No. HK.02.04/II/23640/2016 secara resmi dibentuklah tim pelaksana RKBR dan pusat data RKBP yang berkantor di lantai 8 gedung Integrated Cancer Center/Tulip, RSUP Dr Sardjito Yogyakarta. Aktifitas koleksi data, verifikasi, dan pelaporan data dimulai pada penderita kanker yang terdiagnosis pada tahun 2008-2012, sesuai dengan instruksi dari Kementrian Kesehatan.
Meskipun telah terbentuk tim RKBR, aktifitas RK berbasis patologi dan berbasis organ di departemen dan divisi masih berlangsung hingga sekarang. Hal ini untuk menjawab kebutuhan data untuk riset dari departemen dan divisi yang bersangkutan, mengingat RKBR masih dalam tahap pengembangan.
Pembentukan RKBP dimulai dengan berbagai pertemuan koordinasi dengan Kepala dan staf Dinas Kesehatan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta, Dinas Kesehatan Kota dan Kabupaten, RS Umum dan Puskesmas yang telah dipilih menjadi pelaksana RKBP. RSUP Dr Sardjito ditetapkan berdasarkan SK Mentri Kesehatan No. HK.02.02/MENKES/410/2016 Tahun 2016 menjadi pusat data regional Daerah Istimewa Yogyakarta.